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Untersuchungen von MASON (1988) legen den Schluss nahe, dass das Trauma eine Überaktivität des sympathisch- neuroendokrinen Systems hervorruft. Die Folge ist ein Anstieg der Herzrate, der Hautleitfähigkeit und des Blutdruckes. Diese Aktivierungen lassen sich nachweisen, unabhängig davon, wie lange das Trauma zurückliegt. Mc FARLANE, WEBER und CLARK (1993) fanden, dass Trauma- Patienten unfähig sind relevante von unbedeutenden Stimuli zu unterscheiden. Die Aufmerksamkeit gegenüber affektiv unbedeutenden Reizen war herabgesetzt. Man vermutet, dass unter massiven Stresszuständen eine hohe Ausschüttung von Glucocortikoiden entsteht, die letztlich den Energiestoffwechsel von Neuronen ändern, wodurch es zu einer neuronalen Gewebedegeneration in solchen Gebieten kommt, wo eine hohe Rezeptordichte besteht, wie es im Hippocampus ist. Nachgewiesenermaßen kann es dadurch im Hippocampus zu einer Gewebedegeneration bis zu 30% kommen. Der Mandelkern (nucleus amygdalae) steht mit seinen Verbindungen zum Thalamus, Kortex und Hippocampus im Zentrum der Beobachtungen, in dem untersucht wird, wie die Erinnerungen an primitive emotionale Angsterfahrungen zentralnervös vermittelt werden. Angenommen wird, dass der praefrontalen Kortex von der Verarbeitung emotional eingravierter Gedächtnisinhalte ausgenommen wird, und diese daher nicht gelöscht werden können. Bei Trauma- Patienten wurde immer wieder festgestellt, dass der Serotonin- Stoffwechsel im zentralen Nervensystem sehr gering ist und Serotonin- Wiederaufnahmehemmer gelegentlich hilfreich sind.

Nach einer Reihe von Befunden gilt es als relativ sicher, dass bei Trauma- Patienten ein Zustand entsteht, den man als  funktionelle Kommisurotomie oder funktionelle Dissoziation kommt, wobei die emotionale Perzeption durch die rechte Hemisphäre verbal nicht erkannt wird und über Sprache nicht kommuniziert werden kann. Nach SHALEV (1988) ist davon auszugehen, dass der Affekt rechtshemisphärisch festgehalten wird, weil die interhemisphärische Kommunikation geblockt ist. Die Folge ist ein mangelnder Zugang zu den Funktionen der rechten Hemisphäre, wodurch Apathie, Vulnerabilität, Konfabulation und Verleugnung entstehen. Bei Angst kommt es offenbar zu heftigen Aktivierungen im Mandelkern und dieser weiß etwas von Angstgefühlen, bleibt aber dem Bewusstsein verborgen. Der Mandelkern ist die Schaltzentrale für die Sinneseindrücke, die von Auge, Ohr und Nase eintreffen und in Bruchteilen einer Sekunde in die anderen Hirnbereiche weitergeleitet werden, um dort die entsprechenden Hormonmuster zu aktivieren, die zu einer sofortigen Flucht- oder Kampfreaktion führen würden.

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